หลักฐานที่แสดงถึงการกำเนิดวัฒนธรรมในดินแดนนี้ครั้งแรก เริ่มขึ้นตั้งแต่ราว 10,000 ปีก่อนคริสตกาล ทั้งการตั้งรกรากแต่เดิมของชาวพื้นเมือง และการอพยพเข้ามาจากถิ่นอื่น ซึ่งถือเป็นการเริ่มต้นประวัติศาสตร์ญี่ปุ่น
ต้นกำเนิดของชาวญี่ปุ่นนั้นยังคงไม่ชัดเจน บ้างก็ว่าอพยพมาจากแมนจูเรียและไซบีเรีย บ้างก็ว่ามาจากทางอินโดจีนและทางตอนใต้ของจีน บ้างก็ว่าเป็นชาวมลายูและชาวมองโกล รวมทั้งเกาหลี และนักวิชาการก็ยังคงถกเถียงกันอยู่
ชาวพื้นเมืองฮอกไกโดและทางเหนือของเกาะฮอนชู หรือชาวไอนุนั้น มีการอ้างว่าน่าจะเป็นชาวพื้นเมืองดั้งเดิมที่ตั้งรกรากบนเกาะญี่ปุ่นมาอย่างยาวนานที่สุด ปัจจุบันประชากรชาวไอนุมีอยู่ไม่ถึง 20,000 คน และมีเพียงไม่กี่ร้อยคนเท่านั้นที่ถือได้ว่ามีเชื้อสายชาวไอนุอย่างเต็มตัวทั้งจากฝ่ายพ่อและฝ่ายแม่
| ยุคสมัย | ปี | ลักษณะเด่น |
| โจมง | 10,000 – 300 ปีก่อนคริสตกาล | ศิลปะแบบลายเชือก |
| | ชุมชนเร่รอน ประกอบอาชีพประมง ล่าสัตว์ หาของป่า |
| ยาโยอิ | 300 ปีก่อนคริสตกาล – ค.ศ. 300 | จากชุมชนเร่รอนเป็นหมู่บ้าน ประกอบอาชีพเพาะปลูกข้าว และใช้เครื่องมือโลหะกันมากขึ้น |
| โคฟุน | ค.ศ. 300 – 710 | สถาปนาราชวงศ์ยามาโตะ |
| | | ศาสนาพุทธถูกนำเข้ามา |
| | | มีการก่อสร้างสุสานดินและหินขนาดใหญ่กระจากอยู่ทั่วไป |
| นารา | ค.ศ. 710 – 794 | กำเนิดเมืองหลวงแห่งแรกเรียกว่าเฮเจเคียว (นารา) |
| | | นำระบบริตสึเรียว (กฎหมายตามแนวคิดแบบจีน) มาใช้ |
| เฮอัน | ค.ศ. 794 – 1185 | ย้ายเมืองหลวงสู่เฮอันเคียว (เกียวโต) โดยสร้างตามแบบจีน |
| | | ชาวนาถูกขูดรีด โจรผู้ร้ายชุกชุม มีการรบราฆ่าฟันแย่งชิงอำนาจ |
| คามาคูระ | ค.ศ. 1185 – 1333 | ตระกูลมินาโมโตะเรืองอำนาจ กำเนิดระบบโชกุน (บากุฟุ) |
| | คามาคูระเฟื่องฟูทั้งด้านการเกษตร การพาณิชย์ การใช้ระบบเงินตราซื้อขายสินค้า ขณะที่เกียวโตอ่อนแอลง |
| | ญี่ปุ่นถูกมองโกรุกรานแต่ไม่สำเร็จ |
| มุโรมาจิ | ค.ศ. 1333 – 1576 | พัฒนาการเพาะปลูกและระบบชลประทาน |
| | | กำเนิดชนชั้นพ่อค้าและไพร่ |
| | | สงครามกลางเมือง เกิดจากปัญหาระหว่างโชกุนกับไดเมียว |
| | | โอดะ โนบุนางะยึดเกียวโตได้ และเริ่มรวมดินแดน |
| โมโมยามะ | ค.ศ. 1576 – 1600 | โทโยโตมิ ฮิเดโยชิครองอำนาจต่อจากโนบุนางะ และรวมรวบแผ่นดินต่ออย่างจริงจัง |
| | | ศาสนาคริสต์ถูกนำเข้ามา |
| เอโดะ | ค.ศ. 1600 – 1868 | โทกุกาวะ อิเอยาสุได้ครองอำนาจ และรวบรวมประเทศได้สำเร็จ |
| | | ญี่ปุ่นปิดประเทศ 250 ปี |
| เมจิ | ค.ศ. 1868 – 1912 | ย้ายเมืองหลวงสู่เอโดะ (โตเกียว) |
| | | ปฏิรูปเมจิและจักรพรรดิได้อำนาจคืน |
| | | ยกเลิกชนชั้นซามูไร |
| | | ญี่ปุ่นชนะสงคราม (จีน-ญี่ปุ่น) |
| | | ญี่ปุ่นชนะสงคราม (รัสเซีย-ญี่ปุ่น) |
| | | รวมเกาหลีเป็นดินแดนส่วนหนึ่งของญี่ปุ่น |
| ไทโช | ค.ศ. 1912 – 1926 | เกิดปัญหาทางเศรษฐกิจ |
| | | เกิดกบฏชาวนา |
| | | เกิดแผ่นดินไหวครั้งใหญ่ในภูมิภาคคันโต โตเกียวและโยโกฮาม่าเสียหายหนัก |
| โชวะ | ค.ศ. 1926 – 1989 | จักรพรรดิฮิโระฮิโตะครองราชย์ |
| | | ญี่ปุ่นยึดแมนจูเรีย ตั้งจักรพรรดิปูยี (จักรพรรดิองค์สุดท้ายของจีน) เป็นประมุขประเทศแมนจูเรียใหม่ |
| | | ญี่ปุ่นโจมตีเพิร์ลฮาเบอร์ เข้าร่วมสงครามโลกครั้งที่ 2 |
| | | ญี่ปุ่นถูกอเมริกาทิ้งระเบิดปรมาณูที่ฮิโรชิมาและนางาซากิ ก่อนยอมแพ้สงครามโลกครั้งที่ 2 |
| | | ญี่ปุ่นฟื้นฟูความเสียหายหลังสงคราม และกลายเป็นมหาอำนาจทางเศรษฐกิจ |
| | | ญี่ปุ่นเป็นเจ้าภาพโอลิมปิกฤดูร้อน |
| เฮเซ | ค.ศ. 1989 – ปัจจุบัน | จักรพรรดิอากิฮิโตะครองราชย์ |
| | | เศรษฐกิจฟองสบู่แตก |
| | | เกิดแผ่นดินไหวครั้งใหญ่ที่โกเบ |
| | | ญี่ปุ่นเป็นเจ้าภาพโอลิมปิกฤดูหนาว |